これだとログインしたユーザーのホームからのパス
ftp://hogehoge/foo/bar
以下だと絶対パス・・・！
ftp://hogehoge/%2ffoo/bar
%2fが/なんだって。
参考
FtpWebRequest クラス (System.Net)
URI は相対 URI でも絶対 URI でもかまいません。 URI が "ftp://contoso.com/%2fpath" (%2f は "/"をエスケープしたもの) という形式である場合、この URI は絶対 URI であり、現在のディレクトリは /path になります。
はまったorz