という状況です。原因は端的にいうとこれです。
別にPrismが悪いというわけではなくUWPからPCLを使うと起きる可能性があります。 Prismの処理を追っていくと、Prismが内部で起動シーケンスの進捗報告をしてるログ出力で、上記の原因に該当してました。
回避方法はLoggerを差し替えることです。 とりあえずログがいらないならAppクラスで以下の対応をすればOKです。
protectedoverride ILogger CreateLogger() { returnnew EmptyLogger(); }
参ったものですね。個人的には.NET Nativeのバグだと思ってます。